Zespół rezydencjonalny powstał w drugiej połowie XVIII wieku jako stała siedziba właścicieli majątku Czekanów. Założycielem zespołu był Michał Biernacki herbu Poraj, który odziedziczył majątek w 1768 roku.
Przekazy pisane odnotowują (pamiętnik Elżbiety Radziwiłłówny, siostry Ferdynanda i Karola Radziwiłłów - późniejszych właścicieli pałacu), że nazwa założenia "Bagatela" pochodzi z czasów, kiedy ojciec żony dziedzica Czekanowa Michała Biernackiego mając zamiar wybudować dwór dla córki i zięcia, stwierdził, że takie przedsięwzięcie to dla niego "bagatela". Pierwotna rezydencja była dworem parterowym, ze środkową częścią dwukondygnacyjną. Budynek usytuowano wykorzystując naturalne warunki leśnej polany, a park sukcesywnie komponowano poprzez nowe nasadzenia. Majątek w rękach rodziny Biernackich był do 1877 roku, przejmowany przez kolejne pokolenia.
W 1877 roku majątek nabył Ferdynand książę Radziwiłł herbu Trąby. Zamierzał przebudować dwór na pałac myśliwski, jednak tylko zgromadził materiały, a w roku 1882 odstąpił go bratu, Karolowi. W lipcu 1884 roku do Bagateli, po zakończeniu prac wprowadził się Karol Radziwiłł z synem Władysławem, a później siostra Karola, Elżbieta. Tak pisze ona w swoim pamiętniku: "Dom na Bagateli przeznaczony był na mieszkanie jego [Karola] i żony, nieodżałowanej śp. Reni z Lubomirskich Radziwiłłowej, która nie doczekawszy się ukończenia robót około pałacu, nigdy w nim nie mieszkała. Stary dom, zamieszkały przez rodzinę Biernackich został na nowo odbudowany... sala ozdobiona została sztukaterią przez wrocławskiego rzeźbiarza Bessinka, nad pierwszym piętrem wznosiły się mansardowe pokoje, a przed salą urządzona została półokrągła cieplarnia z tarasą i schodami prowadzącymi do ogrodu." Autorem projektu przebudowy był znany architekt Zygmunt Gorgolewski. Wyposażenie pałacu - meble, sprowadzone zostały z Berlina. Część z nich, meble ze złoceniami, z blatami z marmuru Carrara wykonali rzeźbiarze i stolarze włoskiego pochodzenia Ferrari i Montagner. Dodatkowo w 1909 roku wnętrza pałacowe wzbogaciły się o trofea myśliwskie przywiezione przez Władysława Radziwiłła z jego afrykańskiej wyprawy. Książę Władysław Jerzy Radziwiłł pozostał właścicielem dóbr do lat 40-tych XX wieku, a w tym samym czasie nad całymi dobrami pieczę sprawował Zarząd Ordynacji Rodzinnej ks. Radziwiłłów w Antoninie. Po zakończeniu II wojny światowej urządzono w pałacu mieszkania lokatorskie, następnie przejęły pałac Lasy Państwowe.W latach 1960-70 pałac został przebudowany, wprowadzono liczne zmiany wewnątrz oraz w zewnętrznej bryle budynku - zniekształciło to wygląd obiektu. W następnych latach stan techniczny pałacu zaczął się pogarszać. Na wiosnę 2000 roku nowy właściciel przystąpił do remontu kapitalnego pałacu, przywracając mu pierwotną urodę.